La promesse
Au 18e siècle, les signes avant-coureurs de ce conflit apparaissent dans une petite ville de campagne, quelque part en Europe. C'est là que vivent Tenma et Alone, deux amis aux caractères radicalement opposés. Un jour, Alone fait la connaissance d'une femme qui se présente sous le nom de Pandore. Dès lors, les rouages du destin se mettent inexorablement en marche.
L'éveil d'Hadès
Au Sanctuaire, les Chevaliers d'Or répondent à l'appel d'Athéna et se rassemblent pour préparer l'imminente Guerre Sainte contre l'armée d'Hadès. Au même moment, Tenma est en pleine formation afin de devenir Chevalier d'Athéna. Lors de retrouvailles inattendues avec Sasha, la soeur d'Alone, il apprend que la jeune fille est la réincarnation d'Athéna.
La guerre sainte commence
Tenma et des Chevaliers font route vers une ville d'Italie où se rassemblent les troupes d'Hadès. Tenma réalise que la ville en question est celle où il a grandi, et il commence à s'inquiéter pour Alone. Hélas, ce n'est pas son ami d'enfance qui apparaît dans la cité en proie aux flammes, mais Hadès, le seigneur des Enfers qui a fini par s'éveiller.
Le bracelet des prières
Malgré les terribles nouvelles de la mort de Tenma et du retour d'Hadès sous les traits d'Alone, Sasha n'oublie pas son rôle de déesse et parvient à garder la tête froide malgré le chagrin qui l'étreint. De son côté, Yato, le Chevalier de Bronze de la Licorne, emmène la dépouille de Tenma à Jamir grâce à l'aide de Yuzuriha, une combattante.
La rose empoisonnées
Minos, un des trois Juges des Enfers faisant partie de l'armée d'Hadès, tente de prendre d'assaut le Sanctuaire. Il élimine les Chevaliers un à un avec ses fils invisibles qui lui servent à manipuler ses victimes. Mais la progression de Minos et de ses sbires est freinée par un parterre de roses empoisonnées. Au milieu de ces funestes fleurs, le Chevalier d'Or des Poissons, Albafica, les attend.
Le cortège funèbre de fleurs
Albafica lutte péniblement contre Minos et met toutes ses forces dans la plus meurtrière de ses attaques, les Epines Pourpres. Mais ce n'est pas suffisant contre le Surplis de son adversaire, qui finit par avoir le dessus sur le Chevalier d'Or des Poissons. Après sa victoire, Minos prend la direction d'un petit village aux abords du Sanctuaire qu'Albafica essayait de protéger.
Les fruits du Magnolier
Tenma, Yato et Yuzuriha font tout leur possible pour trouver le magnolier. Cet arbre poussant dans le monde des morts et dont les fruits permettraient d'empêcher les Spectres de revenir systématiquement à la vie. Ils finissent par arriver non loin de l'arbre, mais Asmita, le Chevalier d'Or de la Vierge, fait son apparition. Est-ce un ami ou un ennemi ?
Un jour de brise agréable
Tenma attaque Asmita de toutes ses forces. Ce faisant, il concentre son Cosmos jusqu'à un tel niveau que le magnolier finit par donner des fruits. Asmita disparaît brusquement, quant à Tenma et ses compagnons, ils parviennent à quitter le monde des morts non sans avoir ramassé les précieux fruits du magnolier. Pourtant, même à Jamir, ils doivent faire face à des Spectres démoniaques.
L'étoile géante
Les Spectres qui tentent d'attaquer le Sanctuaire subissent une écrasante défaite face à Aldébaran, le Chevalier d'Or du Taureau. Mais Kagaho du Bénou, l'Étoile Céleste de la Violence, surgit alors du ciel laissant libre cours à son hostilité et provoque Aldébaran en combat singulier. Le combat se poursuit sans qu'aucun des adversaires ne parvienne à prendre le dessus.
L'arrivée
Aldébaran a survécu à la furieuse attaque de Kagaho et remporte le combat grâce à sa technique de la Nova du Titan avec laquelle il peut faire trembler la terre. Mais il soutient que Kagaho n'est pas foncièrement mauvais et il se refuse à lui donner le coup de grâce. Blessé, le Spectre s'enfuit dans le ciel du crépuscule. Peu après, la barrière de protection autour du Sanctuaire est détruite.
Hors d'atteinte
Enfin de retour au Sanctuaire après bien des péripéties, Tenma défie Alone au combat, mais ne parvient pas à avoir le dessus sur son ancien ami. C'est alors que le Grand Pope intervient en utilisant d'anciens talismans reçus de la précédente Athéna pour ériger une puissante cage invisible qui doit affaiblir Hadès.
Un sacrifice insupportable
Le « Lost Canvas », une fresque devant recouvrir le ciel tout entier, détruira le monde une fois qu'il sera achevé. Alone, qui était autrefois la gentillesse incarnée, est résolu à anéantir les humains. Tenma est bouleversé par la menace brandie par son ancien ami. Pendant ce temps, Pandore ne supporte plus que l'éveil d'Hadès ne soit pas entièrement achevé.
Le départ
Tenma a décidé de quitter le Sanctuaire et de continuer seul le combat. Mais sur les ordres du Grand Pope, il est arrêté par Manigoldo, le Chevalier d'Or du Cancer et jeté en prison. Pendant ce temps, au château d'Hadès, Pandore réalise que les souvenirs d'Alone font barrière à l'éveil total du seigneur des Enfers.
