Lena, Mahad et leur mère Mila vivent en paix sur le bloc de Babylonia. Mila tente de cacher les pouvoirs magiques de sa fille Lena et éviter qu'elle ne soit enrôlée par la Sphère. Mais un jour, un incident survient. Lena est obligée de se servir de ses pouvoirs et Mila va tout faire pour la protéger.
Les enfants de Mila sont recueillis par un Vecteur qui veillera désormais sur eux. Mahad et Lena en apprennent plus sur leur père, un héros de la résistance, qu'ils croyaient disparus depuis longtemps. Ils embarquent sur un vaisseau lui ayant appartenu.
Maître Hailong Zalo, un ami de Vecteur, apporte un message de Mila. C'est peut-être un indice pour la retrouver... Mahad et Lena se rendent dans la zone des blocs de Ningxia. Mais la Sphère les attend pour les capturer. En prison, ils vont rencontrer un allié de choix...
Une grande sècheresse s'est abattue sur Puerto Angel. La seule solution : investir une station d'épuration abandonnée par la Sphère. Mais quand les Pirates arrivent sur place, ils découvrent que la station est occupée par un terrible robot conçu pour détecter l'eau et l'extraire: le Mogura. Mais le corps humain est composé à 85% d'eau.
En libérant un convoi de prisonniers, Cortes et ses Pirates ramènent un ancien convoyeur à Puerto Angel. Il prétend connaître l'emplacement de la forteresse où est retenue Mila. Mahad et Lena, contre l'avis de Cortes qui se méfie du convoyeur, vont quand même s'y rendre et découvrir le décor fascinant de l'ancienne ville de Paris. Mais des envoyés de la Sphère les attendent pour les enlever...
Un ouragan menace un secteur de Skyland. Tandis que l'équipage de Cortes essaie de sauver les réfugiés isolés, Mahad et Dalhia, le bras droit de Cortes, se retrouvent coincés sur un bloc de glace qui se dirige droit sur Puerto Angel, l'île des pirates. Il ne reste qu'une seule issue possible: faire exploser le bloc, mais nos deux héros ne pourront pas s'enfuir avant l'explosion...
Lors d'une patrouille, le vaisseau de Cortes intercepte un patrouilleur à la dérive. Une fois à bord, ils réalisent que les "parents" étaient en fait des agents de la Sphère qui escortent une jeune Seijin, petite fillle dotée de pouvoirs, emmenée de force au Tutorat. Les deux tuteurs prennent l'avantage sur Cortes et son équipage, mais Lena et Mahad leur échappent. Il ne leur reste plus beaucoup de temps pour sauver leurs amis.
Un phénomène solaire rend les pouvoirs Seijin imprévisibles. Oslo, un Seijin à la solde de la Sphère arrive à prendre le contrôle de Dahlia, le bras droit de Cortes. Il s'arrange pour mettre en cause Lena afin que la population la soupçonne. Elle se réfugie chez le Vecteur, le grand Sage de Skyland. Oslo a alors le champ libre pour télécharger les données de Puerto Angel.
Tout allait bien pour Mahad le jour où Cortes l'avait nommé pirate en chef pendant son absence, jusqu'à ce que la sphère localise le bloc et décide de s'y rendre. Pour Mahad, Lena et Dahlia, le rêve tourne vite au cauchemar...
Alors qu'ils ont intercepté un appel de leur père Marcus Farrel, Mahad et Lena embarquent en direction de l'émetteur, aidés par Oslo qui prend en filature la transmission. Mais après une rapide bataille, tous s'écrasent sur un bloc désert. Blessé, Oslo ne peut plus utiliser ses pouvoirs... Toujours à la recherche de l'appel, ils sont attaqués par un monstre invisible...
Alors qu'elle est en train de ranger ses affaires personnelles, Lena reçoit un message télépathique de sa mère. Toute contente, elle se rend alors avec Mahad et Dahlia sur le bloc de Babylonia, dans l'espoir d'intercepter de nouveaux messages. Lorsqu'ils arrivent sur Babylonia, Mahas retrouve ses deux amis Shoomday et Hanako.
Le grand-père de Cheng, Tibald Jaïd, est le principal concepteur des armes de la Sphère. Pour retrouver et récupérer son petit-fils, il envoie un patrouilleur téléguidé vers Puerto Angel. Cheng, qui découvre qu'il a un grand-père, décide d'aller à sa rencontre en plein territoire ennemi. Une réunion familiale gâchée au final par l'arrivée de Diwan qui s'empare de Cheng.
Au cours d'une expédition sur Brooklyn, Mahad, Lena et Cheng croisent un étrange personnage et sa fille, pourchassés par la Sphère. Une fois à Puerto Angel, le Vecteur identifie l'homme comme étant un immense scientifique dont les recherches sur l'eau sont d'une importance capitale pour la Sphère. Mahad est plus intéressé par la jeune Astrid, qui lui révèle que Max n'est absolument pas le scientifique qu'il prétend être.
Lors d'une mission de reconnaissance, Mahad et Léna tombent sur un vaisseau citerne perdu dans une zone éloignée. Seul aux commandes du vaisseau, Oslo, malade, se dirige vers le bloc perdu de Vandergaard. Il se rend chez son frère pour se recharger en lumière. Mahad veut l'abandonner à son triste sort. Pas question pour Léna de le laisser mourir : il est leur seul lien avec leur mère...
Mahad est capturé par un organisateur de combats de Gladiateurs pour le plaisir des hauts dignitaires de la Sphère. Il doit se battre contre d'autres prisonniers dans les ruines du Coliseum...
Tandis qu'il escorte un vaisseau citerne d'eau à travers un dangereux champ de gravité, Mahad donne les manettes de l'Hypérion à Cheng pour aller faire du surf avec un moustique sur les vagues électromagnétique qui parcourent cette zone du Skyland. Cheng se retrouve tout seul et bien évidemment tout ne se passe pas comme prévu...
Cortès est un homme secret parlant peu de lui. C'est pourquoi tout le monde est surpris lorsqu'un certain Christophe se présente comme étant son frère. En réalité, Cortès le méprise à cause des affaires louches que Christophe fait avec la Sphère. Mais celui-ci a besoin de l'aide de Cortès. Son vaisseau, la Calisto, véritable réplique du Saint-Nazaire, est bloqué dans les Glaces de la barrière des Glaces Nelson. Son équipage est en danger. Seul le Saint-Nazaire peut le dégager de là...
Les Pirates ont appris l'existence d'un orphelinat dans lequel ont été cachés des enfants Seijins pour qu'ils échappent au Tutorat.
Un jour comme un autre, un Patrouilleur mystérieux atterrit soudain à Puerto Angel, évitant le système de surveillance du lieu. Grâce à l'Hypérion, Mahad le neutralise et il en émerge une Seijin titubante et blessée nommée Alice. Elle est transportée dans une cellule et, après une discussion avec Mahad, il ressort qu'elle croit que la Sphère représente la paix et la sécurité alors que les Pirates font régner la peur auprès des habitants du Skyland...
Parce que Léna souffre de visions terrifiantes à propos d'un jeune garçon et de sa mère, Mahad et Dahlia partent dans le Skyland pour mener l'enquête.
Léna est assaillie par la vision d'une femme mystérieuse et d'un livre qui l'est tout autant. Cette vision insistante l'amène à entraîner Mahad et le Saint-Nazaire dans une zone dangereuse.
Mahad, Cheng, Léna et Cortès mènent une course contre le temps pour localiser un ancien artefact, connu sous le nom d'Origine.
Les pirates ramènent d'un raid un engin qui contient l'ensemble des souvenirs de Mila. Le seul problème est que, pour accéder à ces souvenirs, l'engin doit être branché sur le système qui protège Puerto Angel.
Mahad et Léna font la connaissance de Jonah, personnage peu sympathique, spécialisé dans les armes anti-seijin. Celui-ci se rend sur le monolithe d'Oslo pour installer un nouveau système afin de neutraliser les pouvoirs d'un prisonnier d'une extrême importance.
Dans la sombre forteresse de Kharzem, Oslo poursuit ses expérimentations sur Mila en extrayant son énergie Seijin pour alimenter sa nouvelle unité de Brigs. C'est en réparant son vaisseau que Mahad découvre les coordonnées de la dernière mission de Marcus Farrel, son père, avant qu'il ne disparaisse. Sans prévenir Léna et Mahad se rendent à l’endroit même où leur Père aurait disparu et se retrouvent à... Kharzem !
Dans la sombre forteresse de Kharzem, Oslo poursuit ses expérimentations sur Mila en extrayant son énergie Seijin pour alimenter sa nouvelle unité de Brigs. C'est en réparant son vaisseau que Mahad découvre les coordonnées de la dernière mission de Marcus Farrel, son père, avant qu'il ne disparaisse. Sans prévenir Léna et Mahad se rendent à l’endroit même où leur Père aurait disparu et se retrouvent à... Kharzem !
